北斗定位系統所采用的時間系統為北斗時(BDT)。北斗時采用國際單位制(SI)秒作為基本單位。該時間系統的起始歷元為2006年1月1日協調世界時UTC 0h00m00s,連續計時，不跳秒。經過多年的發展，北斗定位系統已成為我國經濟社會發展和國防建設的重要力量，在我國具有重要的應用價值。

但是TAI與BDT是分別由兩組不同的原子鐘來建立和維持的，由于原子鐘的誤差以及數據處理方法的不同，這兩種時間系統間除了理論上存在的33s的差異外，還會有微小差異。這些差異可保持在100ns以內。

GPS系統所用的時間系統GPST的起始時刻為1980年1月6日0h00m00s,在該時刻GPS時與UTC時是相同的。北斗定位系統的起始時刻比GPST晚了約26年。在此段時間內UTC共跳秒14s,因而GPST與BDT之間理論上也會相差14s,

同樣GPST與BDT是由兩組不同的原子鐘分別建立和維持的，因而這兩種時間系統之間除了理論上的差值14s外，還會存在微小的差異。為了便于用戶能同時用GPS與BDS來進行導航定位，在導航定位中也會給出這種微小差異的數值。在北斗定位系統中時間一般并不用年、月、日、時、分、秒來表示，而是采用星期數WN及本星期內的秒數sow來表示。

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